Feedback

बायोपायथन को स्थापित करना | Biopython Introduction FAQ

बायोपायथन के लिए सभी स्थापना सूचनाएँ इस दस्तावेज़ से अलग की गई थी ताकि इसे अद्यतित रखना आसान हो।

 संक्षिप्त संस्करण यह है - pip install biopython, अन्य विकल्पों के लिए मुख्य README फ़ाइल देखें।

अक्सर पूछे जाने वाले प्रश्न (एफएक्यू)

मैं वैज्ञानिक प्रकाशन में बायोपायथन को कैसे संदर्भित करूं? 
बायोपायथन को मुख्य संदर्भ के रूप में कृपया हमारा एप्लिकेशन नोट [5, कॉक इत एल., 2009] का उल्लेख करें। साथ ही, कृपया अनुचित होने पर निम्नलिखित सूची में से किसी भी प्रकाशन का उल्लेख करें, विशेष रूप से बायोपायथन के विशिष्ट मॉड्यूल के लिए संदर्भ के रूप में (इस विषय में अधिक जानकारी हमारी वेबसाइट पर उपलब्ध है):

• आधिकारिक परियोजना घोषणा के लिए: [4, चैपमैन और चैंग, 2000];
• Bio.PDB के लिए: [16, हमरेलिक और मैंडरिक, 2003];
• Bio.Cluster के लिए: [10, डी हून इत एल., 2004];
• Bio.Graphics.GenomeDiagram के लिए: [35, प्रिचार्ड इत एल., 2006];
• Bio.Phylo और Bio.Phylo.PAML के लिए: [45, तालेविच इत एल., 2012];
• Biopython में समर्थित FASTQ फ़ाइल प्रारूप के लिए, BioPerl, BioRuby, BioJava, और EMBOSS: [6, कॉक इत एल., 2010].

"Biopython" को मैं कैसे प्रमुख्य करूं? "BioPython" ठीक है? 
सही शीर्षकीकरण "Biopython" है, "BioPython" नहीं (हालांकि यह BioPerl, BioJava और BioRuby के साथ मेल खाता था)।

बायोपायथन सॉफ़्टवेयर का लाइसेंस कैसे है? 
बायोपायथन को बायोपायथन लाइसेंस समझौते के तहत वितरित किया जाता है। हालांकि, बायोपायथन 1.69 के रिलीज़ के बाद, कुछ फ़ाइलें स्पष्ट रूप से आपके चयन के अनुसार बायोपायथन लाइसेंस समझौते या बीएसडी 3-अनुच्छेद लाइसेंस के तहत द्वितीय लाइसेंसदाता हैं। यह बायोपायथन के सभी बाद में इस द्वितीय लाइसेंसिंग दृष्टिकोण को प्रस्तावित करने की इच्छा से है।

बायोपायथन लोगो क्या है और इसका लाइसेंस कैसे है? 
2017 के जुलाई और बायोपायथन 1.70 के रिलीज़ के अनुसार, बायोपायथन लोगो एक पीला और नीला सांप है जो "biopython" शब्द के ऊपर एक डबल हेलिक्स बनाता है। यह पैट्रिक कुंजमान द्वारा डिज़ाइन किया गया था और यह लोगो आपके चयन के अनुसार बायोपायथन लाइसेंस समझौते या बीएसडी 3-अनुच्छेद लाइसेंस के तहत द्वितीय लाइसेंस किया जाता है। इससे पहले, बायोपायथन लोगो 2003 में हेनरिक वेस्टरगार्ड और थॉमस हैमरेलिक द्वारा एक खुला प्रतियोगिता के हिस्से के रूप में डिज़ाइन किया गया था।

क्या आपके पास प्रत्येक रिलीज़ में क्या नया है, वह बदलता है के बारे में एक चेंज-लॉग है? 
स्रोत कोड के साथ शामिल NEWS.rst फ़ाइल देखें (मूल रूप से केवल NEWS कहा गया), या GitHub पर नवीनतम NEWS फ़ाइल को पढ़ें।

मेरे प्रिंट कमांड में क्या गलत हो रहा है? 
बायोपायथन 1.77 के अनुसार, हम केवल पायथन 3 का समर्थन करते हैं, इसलिए इस ट्यूटोरियल में पायथन 3 का शैली प्रिंट फ़ंक्शन का उपयोग किया जाता है।

मैं कैसे पता करूं कि मेरे पास कौन सा बायोपायथन संस्करण स्थापित है? 
इस्तेमाल करें:

>>> import Bio 
>>> print(Bio.__version__)

यदि "आयात बायो" लाइन असफल हो जाती है, तो बायोपायथन स्थापित नहीं है। ध्यान दें कि संस्करण के पहले और बाद में डबल अंडरस्कोर हैं। यदि दूसरी लाइन असफल हो जाती है, तो आपका संस्करण बहुत पुराना है। यदि संस्करण स्ट्रिंग "1.66+" जैसे समाप्त होता है, तो आपके पास आधिकारिक रिलीज़ नहीं है, बल्कि उस संस्करण के बाद डेवलपमेंट कोड की एक पुरानी स्नैपशॉट है। यह नामकरण जून 2016 तक उपयोग किया गया था, बायोपायथन 1.68 के पूर्व। यदि संस्करण स्ट्रिंग "1.68.dev0" जैसे समाप्त होता है, तो आपके पास आधिकारिक रिलीज़ नहीं है, बल्कि उस संस्करण से पहले डेवलपमेंट कोड की एक स्नैपशॉट है।

इस दस्तावेज़ का नवीनतम संस्करण कहाँ है? 
यदि आप बायोपायथन स्रोत कोड संग्रह डाउनलोड करते हैं, तो इसमें एचटीएमएल और पीडीएफ़ प्रारूप में संबंधित संस्करण शामिल होगा। इस दस्तावेज़ का नवीनतम प्रकाशित संस्करण (हर रिलीज़ के साथ अपडेट किया गया) ऑनलाइन है:

• http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html
• http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.pdf

मेरे सिक्वेंस तुलनाएँ में क्या गलती है? 
बायोपायथन 1.65 में एक प्रमुख बदलाव हुआ था, जिसमें सिक्वेंस और म्यूटेबलसिक्वेंस क्लासेस (और उप-कक्ष) सरल स्ट्रिंग-आधारित तुलना का उपयोग करते हैं, जिसे आप स्पष्ट रूप से str(seq1) == str(seq2) के साथ कर सकते हैं।

Bio.SeqIO और Bio.AlignIO कौन-सा फ़ाइल प्रारूप पढ़ते और लिखते हैं? 
स्थानीय डॉकस्ट्रिंग्स की जाँच करें (from Bio import SeqIO, फिर help(SeqIO)), या विकि पर नवीनतम सूची के लिए http://biopython.org/wiki/SeqIO और http://biopython.org/wiki/AlignIO देखें।

आओ! बायो.एसीइओ और बायो.अलाइनआईओ क्यों फ़ाइल नाम का प्रयोग नहीं करते, वे हैंडल्स पर इंसिस्ट करते हैं! 
आपको बायोपायथन 1.54 या उससे बाद की आवश्यकता है, या बस हैंडल्स का उपयोग स्पष्ट रूप से करें (अनुभाग 25.1 देखें)। आपको उत्पादन डेटा लिखने के बाद निर्देशित रूप से आउटपुट हैंडल को अवश्य ही बंद करने का ध्यान देना चाहिए।

बायो.एसीआईओ.राइट() और बायो.अलाइनआईओ.राइट() फ़ंक्शन एकल रेकर्ड या अलाइनमेंट को क्यों स्वीकार नहीं करते? वे केवल सूची या आइटरेटर पर इंसिस्ट करते हैं! 
आपको बायोपायथन 1.54 या उससे बाद की आवश्यकता है, या बस आइटम को [...] के साथ लपेटें ताकि एक तत्व की सूची बनाई जा सके।

क्यों str(...) मुझे सीक्वेंस ऑब्जेक्ट की पूरी अनुक्रम स्थिति नहीं देता है? 
आपको बायोपायथन 1.45 या उससे बाद की आवश्यकता है।

बायो.ब्लास्ट नवीनतम सादा पाठ NCBI ब्लास्ट उत्पादन के साथ काम क्यों नहीं करता? 
NCBI ने BLAST उपकरणों से सादा पाठ उत्पादन को संशोधित किया है, और हमारा पार्सर अद्यतन करना/किया जा रहा है। यदि आप बायोपायथन का नवीनतम संस्करण उपयोग नहीं कर रहे हैं, तो आप अपग्रेड करने का प्रयास कर सकते हैं। हालांकि, हम (और एनसीबीआई) आपको एक कंप्यूटर प्रोग्राम द्वारा पढ़ा जाने वाला XML उत्पाद का उपयोग करने की सलाह देते हैं।

क्यों मेरा Bio.Entrez.efetch() का स्क्रिप्ट काम करना बंद कर दिया है? 
इसका कारण एनसीबीआई में फरवरी 2012 में इंट्रोड्यूस होने वाले EFetch 2.0 में हो सकता है। पहले, उन्होंने डिफ़ॉल्ट वापसी मोड को बदल दिया - आपको अपने कॉल में retmode="text" जोड़ना चाहिए। दूसरा, वे अब आइडी की एक सूची प्रदान करने के लिए सख्त हो गए हैं - बायोपायथन 1.59 बाद, एक सूची को सीमा वार्तानिक रूप से बदला जाता है।

क्यों Bio.Blast.NCBIWWW.qblast() NCBI ब्लास्ट वेबसाइट के समान परिणाम नहीं देता है? 
आपको समान विकल्पों को निर्दिष्ट करने की आवश्यकता है - एनसीबीआई अक्सर वेबसाइट पर डिफ़ॉल्ट सेटिंग्स को समायोजित करता है, और वे QBLAST डिफ़ॉल्ट को समान नहीं हैं। गैप पेनाल्टी और अपेक्षितता थ्रेशोल्ड जैसी चीजों की जाँच करें।

मैं क्यों नहीं श्रेणीबद्ध SeqRecord ऑब्जेक्ट्स को जोड़ सकता? 
आपको बायोपायथन 1.53 या उससे बाद की आवश्यकता है।

Bio.SeqIO.index_db() काम क्यों नहीं करता? मॉड्यूल अच्छी तरह से आता है, लेकिन वहाँ इंडेक्स डीबी फ़ंक्शन नहीं है! 
आपको बायोपायथन 1.57 या उससे बाद (और एक पायथन जिसमें SQLite3 समर्थन है) की आवश्यकता है।

एक समय में बायोपायथन 1.54 या उससे बाद का अधिक संख्यात्मक संरेखण वस्तु कहाँ है? बायो.एलाइन मॉड्यूल ठीक आता है, लेकिन यह क्लास वहाँ नहीं है! 
आपको बायोपायथन 1.54 या उससे बाद की आवश्यकता है। वैकल्पिक रूप से, पुराने बायो.एलाइन.जेनेरिक.एलाइनमेंट क्लास कुछ उसकी क्षमताओं का समर्थन करता है, लेकिन इसका उपयोग अब असली नहीं है।

मैं क्यों नहीं आवेदन ढक्कन से सीधे कमांड लाइन उपकरण चला सकता हूँ? 
आपको बायोपायथन 1.55 या उससे बाद की आवश्यकता है, लेकिन बायोपायथन 1.78 में इन्हें विस्तारित किया गया था। सीधे पायथन सबप्रोसेस मॉड्यूल का उपयोग करने का विकल्प विचार करें।

मैंने कोड की एक निर्देशिका में देखा, लेकिन मैं कुछ कोड नहीं मिल सकता। यह कहाँ छुपा है? 
एक बात जान लें कि हम कोड को init.पाई फ़ाइलों में रखते हैं। यदि आप इस फ़ाइल में कोड खोजने के लिए अभ्यस्त नहीं हैं तो यह कुछ भ्रमक हो सकता है। हम इसे उपयोगकर्ताओं के लिए आसान बनाने के लिए करते हैं। उदाहरण के लिए, "बायो से जेनबैंक इम्पोर्ट करने के लिए 'बायो.जेनबैंक' जैसा एक "दोहरा काम" आयात करने की बजाय, आप सीधे 'बायो' से 'जेनबैंक' का उपयोग कर सकते हैं।